殺菌滅蠅器的作用是為了消滅蒼蠅的同時使用誘蟲燈管內的紫外線在近距離消除漂浮在空氣中對人體有害的細菌，通常滅蠅器有粘捕式和電擊式倆種，考慮到殺菌滅蠅器通常安防在高處以增加消滅蒼蠅的可能，粘捕式滅蠅器更換粘紙時往往很不方便，需要派人定期更換，蒼蠅多更換頻率還將上升。而電擊式滅蠅器只需通電即可消滅蒼蠅，收集盒不滿前還可以繼續使用，一般裝80個蒼蠅（視殺菌滅蠅器大小而定）遠遠高于粘捕式一次多50只蒼蠅的數量，而且蒼蠅很聰明，空白的捕蠅紙蒼蠅會觀望，有5~10只死蒼蠅在上面其他蒼蠅會以為有好東西而爭相恐后飛向捕蠅紙，而被捕獲的蒼蠅密度太部分蒼蠅都會飛走，尋找新的東西，這導致粘捕式滅蠅器實際上在中期捕蠅效果才強。

對比粘捕式和電擊式殺菌滅蠅器不難發現，除了在捕蠅過程中不會產生電火花而適用于粉塵場所外，電擊式滅蠅器的使用效果是全方面強于粘捕式的，滅蠅方面，電擊式使用電網將蒼蠅消滅，只要觸碰到蒼蠅就完成了消殺工作，而粘捕式在需要捕抓到蒼蠅后將其慢慢餓死，這個過程需要一周左右的時間，一些狡猾的蒼蠅觸碰到捕蠅紙還可能逃脫。電擊式滅蠅器電網工作不受濕度，溫度，油煙影響，而粘蠅紙容易在高溫體化粘捕效果減弱，低溫下固體化粘捕效果減弱，回南天水汽或有廚房油煙覆蓋在表面還是會減弱其粘捕效果。

殺菌滅蠅器為了提升滅蠅效果，一般使用電擊的方法消滅蒼蠅，但要達到一擊電死蒼蠅的程度需要將家用220V的電流進一步提高，否則無法擊殺蒼蠅，很多滅蠅燈產品選擇使用電子式電網，它是依靠多個電容不斷充電將電壓提升，有蒼蠅觸碰到電網時將這些電壓一并射出擊殺蒼蠅，電子式滅蠅燈比較大缺點就是使用壽命短，其內部的電容需要多次充電才可以將電壓提升到電死蒼蠅的地步，這個過程電壓將經過從0到100，突然瞬間釋放電壓到0的過程，可想而知經過幾次電擊其使用壽命就已經迅速下降了。