通過FMT恢復腸道菌群組成和調節菌群失調可能是診療各種神經系統疾病的有效方法，但當前的證據依然有限。在Zhan等人進行的一項實驗中，小鼠首先接受連續14天的廣譜抗*素診療。隨后，作者將來自衰老加速小鼠易感型8（SAMP8）或抵御衰老老加速小鼠1（SAMR1）小鼠的糞菌移植到偽無菌小鼠中，結果他們觀察到，接受了來自SAMR1小鼠的偽無菌小鼠的空間學習和記憶能力得到改善，而接受SAMP8小鼠糞菌移植的則沒有。Yu等人分別使用了有和無認知功能惡化的糖尿病小鼠，并將無認知功能障礙小鼠的糞菌移植到偽無菌小鼠的腸道中。他們注意到宿主Morris水迷宮性能指數的顯著改善，該影響與宿主腸道微生物的β多樣性及相對豐度變化有關。菌群移植技術正逐步應用于難治性疾病，為患者帶來新希望！江蘇糞便菌群移植安全性

2022年國家衛生健康委員會醫院管理研究所、中華醫學會腸外腸內營養學分會、中華醫學會腸外腸內營養學分會腸道微生態協作組發布《腸道菌群移植臨床應用管理中國共識(2022版)》，明確了FMT的適應癥，適應證:(1)消化系統疾病:包括艱難梭狀芽胞桿菌(CDI):復發性(難治性)CDI;其他消化系統疾病:潰瘍性結腸炎、克羅恩病、功能性、IBS、菌群紊亂相關腹瀉、肝硬化等。(2)腸道菌群紊亂所致的消化系統外疾病:腸道外疾病的適應證必須伴隨有胃腸道癥狀，或者當前研究證實該疾病與胃腸道癥狀或腸道菌群紊亂相關。①神經系統疾病:帕金森病、阿爾茨海默病(Alzheimer disease，AD)、肌萎縮側索硬化癥(amyotrophic lateral sclerosis，ALS)、癲癇等。②精神系統疾病:自閉癥、焦慮癥或抑郁癥、多動癥、抽動綜合征等。③代謝相關疾病:代謝綜合征、糖尿病、肥胖癥、脂肪肝、高脂血癥等。④tumor相關疾病:免疫的增敏、免疫及放化療所致腸炎等。⑤過敏性或免疫系統疾病:自身免疫性肝炎、系統性紅斑狼瘡、強制性脊柱炎、免疫性骨關節炎、過敏性皮炎、特發性血小板減少性紫癜等。⑥成人或兒童移植物抗宿主病(graft versus host disease，GVHD)。江蘇自體菌群移植專家共識上海沃本發布菌群移植供體篩選標準.

cancertreatment過程中會發生各類并發癥，對于并發癥的改善方法不同。Radiotherapy是cancertreatment的一個主要的方法，但由于其可能引起嚴重的組織損傷等副作用使它的應用受到了限制。小腸上皮細胞對輻射敏感性高和較高的周轉率使其成為輻射性損傷的主要部位。輻照小鼠FMT加重了無菌小鼠的輻射損傷，而健康小鼠FMT明顯緩解了輻射誘導的胃腸道綜合征，提高了輻照小鼠的存活率。因此，FMT可作為一種cancerradiotherapy的放射防護劑以便改善預后。

菌群移植臨床改善或緩解標準：5.腸易激綜合征（IBS）：連續3個月未出現與排糞頻率、排糞形式相關的肚子痛或不適癥狀，且菌群多樣性恢復至供體菌群多樣性50%以上為改善。滿足下列任1條即為顯效：（1）診療開始后連續1周未出現肚子痛或不適；（2）IBS?C患者排硬或塊狀糞便＜25%、同時稀或水樣糞便＜25%，IBS?D患者排稀或水樣糞便＜25%、同時硬或塊狀糞便＜25%，IBS?M患者排硬或塊狀糞便＜25%、同時稀或水樣糞便＜25%（1C）6.自閉癥：診療第12周，自閉癥ABC量表評分<31分、且CGI?I評分1分，菌群多樣性恢復至供體菌群多樣性50%以上為診療顯效。診療第12周自閉癥ABC量表評分<67分、且CGI?I評分1~2分或5個ABC子量表中至少2個較基線有50%或更大的下降，而其他子量表均未出現10%或更大的上升為診療有效（2C）菌群移植過程中，保持菌群的活性與多樣性是關鍵。.

菌群移植移植途徑的選擇：推薦在行FMT前評估消化道動力（1D）消化道動力影響菌液在消化道中的停留時間。另一方面，對于消化道動力差的患者，如一次性輸注過多菌液，則極有可能引起或加重惡心、嘔吐、腹脹、肚子疼等不良反應，故在行FMT前需評估消化道動力，并作為確定FMT路徑與單次輸注菌液體積的參考。例如，存在胃排空障礙的患者，不宜采用口服或鼻胃管路徑；腸道動力緩慢的患者，應適當減少一次性輸注菌液的量或減慢輸注速度。消化道動力評估首先應詢問病史，對于明顯存在腸道動力紊亂的患者，可采用口服鋇劑或小腸插管碘水造影法，既能動態觀察消化道蠕動狀況、又能觀察消化道有無形態結構異常。不建議進行結腸傳輸試驗，因為它耗時久、且不利于動態觀察，意義不大。一些研究表明，菌群移植還可能對肥胖、糖尿病等代謝性疾病有一定的潛力。廣東常見菌群移植收費碼

菌群移植的安全性與長期效果，仍需大量臨床試驗來驗證。江蘇糞便菌群移植安全性

目前中國開展50余項（含香港6項，中國臺灣2項）菌群移植臨床研究，合計完成了總數近萬例次的移植，但遠遠未達到市場及臨床需求。上海市第十人民醫院團隊2014-2018年的隨訪數據顯示，患者接受菌群移植診療后3個月，1年，3年后的臨床改善率和改善率分別為：constipati41.3%(560/1356），35.2%(320/909），31.4%（69/220）和70.3%(953/1356)，63%（573/909），60.5%（133/220）；炎癥性腸病33.1%(58/175)，29.9%（35/117），24.5%（12/49）和64.5%(113/175)，57.3%（67/117），57.1%（28/49）；慢性腹瀉87.8%(130/148)，81.8%（81/99），78.3%（36/46）和95.9%（142/148），88.9%（88/99），82.6%（38/46）；放射性腸炎61.4%(78/127)，56.5%(48/85)，47.6%(20/42)和77.9%(99/127)、71.8%(61/85)，61.9%(26/42)；腸易激綜合征53.8%(64/119)，45.0%(36/80)，40.0%(6/15)和74.8%（89/119)，71.3%(57/80)，66.7%(10/15)；自閉癥23.5%(20/85)，22.8%(13/57)，20.0%(5/25)和78.8%(67/85)，71.9%(41/57)，60.0%(15/25)；江蘇糞便菌群移植安全性